Lasy Nadleśnictwa Gołąbki pomimo dużego udziału żyznych siedlisk i zróżnicowania gatunkowego, z racji innych uwarunkowań, narażone są na oddziaływanie czynników szkodotwórczych. Wśród owadów największe znaczenie mają korniki i chrabąszcze.
W istotnym stopniu nękają również przypłaszczek granatek, szeliniaki i pędraki. Naturalna odporność tutejszych ekosystemów powoduje, że brak jest stałych ognisk rozrodu szkodników pierwotnych. Istniejące zagrożenia wynikają z czynników klimatycznych (niskie opady, susze, wiatrołomy, przymrozki), antropogenicznych (obniżenie poziomu wód gruntowych, oddziaływanie przemysłu) oraz wynikające ze struktury drzewostanów. Dotkliwe szkody związane są z wahaniem stosunków wodnych, wiatrołomami, działalnością pędraków i huby korzeni. Poważnych zniszczeń dokonała nawałnica z 11 sierpnia 2017 roku.

Zagrożenia biotyczne

Powodowane są głównie przez szkodniki owadzie, pasożytnicze grzyby oraz ssaki kopytne. Największe zagrożenia ze strony patogenów grzybowych powodowane są przez hubę korzeni i opieńkową zgniliznę korzeni. Porolność sporej ilości gruntów, długa granica polno-leśna, żyzne siedliska i atrakcyjna baza żerowa sprawiają, że chrabąszcz znajduje tu odpowiednie warunki do rozwoju. Jego stała obecność została zinwentaryzowana w PUL jako uporczywe pędraczysko na powierzchni 4794,88 ha.

Zagrożenie ze strony zwierzyny to głównie uszkadzanie młodych drzew przez spałowanie, zgryzanie, ścinanie lub czemchanie. Wynika to nie tylko z liczebności, ale również z sezonowej migracji jeleniowatych.

Zagrożenia abiotyczne

Wynikają głównie z ujemnego oddziaływania warunków atmosferycznych, zakłócenia stosunków wodnych oraz niekorzystnych właściwości gleb. Najistotniejsze znaczenie mają zagrożenia klimatyczne, w tym huraganowe wiatry i przymrozki. Stymulującą rolę odgrywają opady atmosferyczne, ich wielkość i rozkład w okresie wegetacyjnym. Niskie opady charakterystyczne dla terenu Nadleśnictwa (poniżej średniej krajowej) są czynnikiem ograniczającym potencjalną produkcyjność drzewostanów, zagrażają kondycji i zdrowotności lasu. Osłabione ekosystemy są podatne na inne czynniki szkodotwórcze, wzrasta zagrożenie pożarowe. Na okresy wysokich temperatur i suszy najsilniej reagują  drzewostany sosnowe. W warunkach niedoboru sosna okazuje się ogniwem najsłabszym, sygnalizuje zmiany w środowisku. Mimo, iż jest ona gatunkiem o dużej amplitudzie tolerancji biologicznej, nie radzi sobie w takich okresach na żyźniejszych siedliskach.

Zagrożenia antropogeniczne

Zagrożenia antropogeniczne wynikają z działalności człowieka i stanowią jeden z kluczowych czynników wpływających na kondycję oraz trwałość ekosystemów leśnych. Ich oddziaływanie może mieć charakter bezpośredni, jak w przypadku wycinki czy pożarów, lub pośredni – poprzez zmiany środowiskowe, takie jak zanieczyszczenie powietrza, gleby i wód. W wielu przypadkach czynniki te wzajemnie się nasilają, prowadząc do osłabienia drzewostanów i zwiększenia ich podatności na inne zagrożenia.

Jednym z najpoważniejszych zagrożeń są pożary lasów, których zdecydowana większość ma związek z działalnością człowieka. Przyczyną są najczęściej: nieostrożność (np. pozostawione ogniska, niedopałki papierosów), podpalenia oraz intensywna rekreacja na terenach leśnych. Pożary prowadzą do całkowitego zniszczenia drzewostanów, degradacji gleby oraz śmierci wielu organizmów. Szczególnie narażone są lasy sosnowe, które ze względu na swoją strukturę i warunki siedliskowe cechują się wysoką łatwopalnością.

Rosnąca popularność terenów leśnych jako miejsc wypoczynku powoduje wzrost presji turystycznej. Nadmierny ruch ludzi, jazda pojazdami mechanicznymi oraz zaśmiecanie prowadzą do niszczenia runa leśnego, degradacji gleby oraz płoszenia zwierząt. Dodatkowo działalność ta zwiększa ryzyko powstawania pożarów.